Studiował w krakowskiej Akademii Sztuk Pięknych w latach 1900-08 pod kierunkiem Floriana Cynka, Józefa Mehoffera, Leona Wyczółkowskiego, Józefa Pankiewicza i Jana Stanisławskiego. Stefan Filipkiewicz uznawany jest za jednego z najwybitniejszych uczniów Jana Stanisławskiego. Malował głównie pejzaże - tatrzańskie i podgórskie - oraz kwiaty i martwe natury. We wczesnym okresie twórczości zajmował się także grafiką.